地震や大雨の後、湧水自体が地表に湧き出るときに既に濁っていることは稀にあります。地下水を含んでいる地層が地震等で崩れたり揺らされたりすると、水と一緒に砂粒を吐き出すことがあります。この場合は時間が経てば濁りは収まります。また湧水が斜面にある場合、大雨の後に濁る原因としては、大雨に打たれて湧水より上側の斜面に泥水が流れて、それが湧水に混入したという可能性があります。地震の後についても同様で、湧水が存在する斜面の上の地盤が崩れ、土砂が湧水に混入したという可能性があります。
なお、湧水そのもの自身が濁りを発生しない場合でも、例えば湧水を一旦タンクに貯めて使用している場合などは、間接的な原因として、タンクの底に溜まっていた泥が何らかの原因で撒き上げられてタンク内の水が濁ったりする可能性もあります。
なお、ご質問に対する回答は、あくまで回答者個人の見解です。
【関連ある質問】
浅井戸（掘抜き井戸）の地下水は大雨の時に濁りやすいのですか？
もともと透明だった浅井戸の地下水が急に濁りました。どのような理由が考えられますか？
地震の影響で地下水の水みちが変わり、浅井戸が枯れたという事例はありますか？
地震後に湧水が枯れた、あるいは地下水位が下がってしまう理由は何ですか？
新設井戸から連続揚水すると一目で判る位に濁ります。数時間洗浄しても濁りがとれません。
近隣工事での地下水の濁りで、濁り除去手段と、濁りが無くなった後の飲用可否を教えて下さい。